Часть 3: Продвинутые настройки, Lib2NIST и пользовательские библиотеки

Эта часть предназначена для пользователей, которые хотят выйти за рамки стандартного поиска и адаптировать программу под свои специфические задачи.

1. Продвинутые настройки и автоматизация

  • Constraints (Ограничения): Это мощнейший инструмент для фильтрации поисковых запросов. В диалоговом окне поиска (Library Search Options) есть вкладка Constraints. Здесь вы можете задать жесткие критерии, например:

    • Наличие/отсутствие определенных элементов (например, "должен содержать 1 атом Br").
    • Диапазон молекулярных масс.
    • Наличие фрагментов в названии соединения.
    • Наличие определенных пиков.

    Важно: Не забывайте сбрасывать ограничения (Clear All) после выполнения специфического поиска, иначе они будут применяться ко всем последующим запросам и могут приводить к пустым результатам.

  • Использование .INI файлов:

    • Любую конфигурацию поиска и интерфейса можно сохранить в .INI файл (File -> Save Configuration).
    • Это позволяет создать разные "профили" для работы, например:
      • EI_search.ini: Настроен для поиска по EI библиотекам.
      • Tandem_HRAM.ini: Настроен для тандемного поиска высокого разрешения с соответствующими допусками.
      • My_Project_Lib.ini: Настроен для поиска только по вашей пользовательской библиотеке.
    • Это избавляет от необходимости каждый раз менять настройки вручную.

2. Утилита командной строки Lib2NIST

Lib2NIST — это инструмент для продвинутых пользователей, который позволяет автоматизировать работу с библиотеками без использования графического интерфейса.

  • Основное назначение: Конвертация библиотек из одного формата в другой и создание/обновление пользовательских библиотек в пакетном режиме.
  • Базовый синтаксис: lib2nist [опции] [входные файлы] [путь для вывода\]
  • Ключевые опции:
    • InputFile или InputLibrary: Указывает на входной файл или библиотеку.
    • OutputPath\: Папка, куда будут сохранены результаты. Важно: путь должен заканчиваться обратным слэшем (\).
    • =OutputName: Задает имя для выходной библиотеки или файла.
    • /LOGn: Создает лог-файл с уровнем детализации n (от 0 до 11). /LOG9 — самый подробный, очень полезен для отладки.
    • Inifile.INI: Позволяет использовать файл конфигурации для задания всех настроек, что гораздо удобнее, чем перечислять их в командной строке.
    • /OutLib, /OutMSP, /OutSDF: Указывают формат выходных данных (библиотека NIST, MSP-файл, SDF-файл).

3. Создание и управление пользовательскими библиотеками (User Libraries)

Создание собственных библиотек — одна из важнейших функций для систематизации данных.

  • Где это делается?: Основной инструмент — вкладка Librarian.
  • Как наполнять библиотеку?:
    1. Из результатов поиска: Любой спектр из Hit List можно отправить в Spec List (правый клик -> Send to -> Spec List).
    2. Из файлов: Импортировать спектры из файлов (.MSP, .JDX и т.д.).
    3. Вручную: Создать новую запись (New spectrum) и ввести данные.
  • Редактирование спектров:
    • В Librarian выберите спектр и нажмите Edit Spectrum. Откроется диалоговое окно Spectrum Information.
    • Здесь можно добавить или изменить: Имя, CAS, формулу, структуру, комментарии и, что очень важно, индексы удерживания (RI).
  • Tags в комментариях: Это скрытая, но очень мощная функция. В поле Comments можно добавлять структурированные метаданные в формате Tag=Value.
    • Пример: Contributor="My Lab" Instrument="Agilent 7890" Column="DB-5"
    • Эти теги становятся доступными для поиска через Constraints, что позволяет очень гибко фильтровать ваши собственные данные.
  • Где хранятся библиотеки?: Каждая пользовательская библиотека — это просто папка с файлами внутри директории C:\NIST23\MSSEARCH\. Это упрощает резервное копирование и перенос.

КРАЙНЕ ВАЖНО: Если вы редактируете пользовательскую библиотеку, содержащую тандемные или высокоточные (accurate mass) спектры, ее необходимо переиндексировать с помощью утилиты Lib2NIST после внесения изменений. В противном случае поиск по точной массе или Hybrid Search по этой библиотеке может работать некорректно или не работать вовсе.